הקרואטי, שהרשים עם נבחרתו ביורו 2012 כשהבקיע 3 שערים, ירוויח באליאנץ ארנה 3.5 מיליון יורו לעונה למשך 3 השנים הקרובות. השחקן בן ה-26 יצטרף למריו אחר - גומז - בחוד של באיירן, כמו גם לקלאודיו פיסארו ששב לקבוצה בקיץ הנוכחי בהעברה חופשית מוורדר ברמן.
מנדז'וקיץ' שמתנשא לגובה 1.86 מטר, הבקיע בעונה החולפת 12 שערים במדי וולפסבורג. לפי ה"בילד", החלוץ שלח לאחד מחבריו בקבוצה מסרון בו כתב: "הכל ברור עם באיירן".
לאחר ההופעות הטובות שלו ביורו, עלו ספקולציות ברחבי אירופה על התעניינות בשחקן בקבוצות גדולות, כולל דיווח שקישר אותו לברצלונה. מנגד, היו שמועות כי באיירן מעוניינת להחזיר לבונדסליגה את חלוץ מנצ'סטר סיטי אדין דז'קו, שלפני שנתיים כיכב במדי וולפסבורג, אך כעת הדבר לא סביר.