הקבוצה שלו בעונה שעברה התקרבה לשלב הבתים של ליגת האלופות, ובינתיים ביבשת אחרת, פאקו אייסטראן המשיך הלאה לעבר היעד הבא בקריירת האימון שלו. סנטוס לגונה המקסיקנית הודיעה על מינויו של הספרדי לתפקיד המנג'ר של המועדון. "אחרי זכיה בתארים בשלוש העונות האחרונות, אנחנו חיפשנו אחרי מישהו עם אותה פילוסופיה של המועדון שיוביל את ההכנות שלו", נכתב בהודעה רשמית שהוציאה אלופת הקלאוסורה.
סנטוס לגונה היא היעד השני של פאקו במקסיקו. ב-2013/14, הוא אימן את אסטודיאנטס טקוס מהליגה השניה במדינה והפסיד בפנדלים את המקום בליגה הראשונה אחרי פלייאוף. לאחר מכן, הוא המשיך למכבי תל אביב, איתה זכה בעונה שעברה באליפות, בגביע המדינה וגביע הטוטו. למעשה, אחרי טקוס והאלופה הישראלית, התפקיד בסנטוס לגונה יהיה השלישי בסך הכל שבו ישמש הספרדי ה-52 כסמכות העליונה בצוות האימון.
כאמור, סנטוס לגונה זכתה בליגת הקלאוסורה בעונה האחרונה במקסיקו. לפני הזכיה בתואר, ב-2014, הקבוצה הניפה את הגביע המקסיקני ובעונה שעברה זכתה בסופר קאפ המקסיקני. אחד השמות שאפשר למצוא בסגל שלה הוא אגוסטין מרצ'סין, שוער סגל נבחרת ארגנטינה. פאקו יחליף בתפקיד את המאמן הפורטוגלי, פדרו קאיישיניה, שעזב את הקבוצה.
אחד השלבים המשמעותיים בקריירת האימון של פאקו היה כששימש כעוזרו של רפא בניטס בוולנסיה ובליברפול. לצד מאמן ריאל מדריד כיום, הספרדי זכה בין היתר באליפויות בספרד עם העטלפים ובליגת האלופות עם המייטי רדס אחרי הגמר הבלתי נשכח מול מילאן באיסטנבול.
